Sau khi đậu cử nhân, ông về làng Bình Cách (nay thuộc thị xã Tân An) dạy học trò, về sau dời về làng Phong Điền, Cần Thơ (nay là xã Nhơn Ái, huyện Châu Thành, tỉnh Cần Thơ) tiếp tục dạy học, làm thơ, bốc thuốc chữa bệnh cho đến cuối đời. Hiện nay, phần mộ ông vẫn nằm tại nơi đây.

Thơ Phan Văn Trị trước khi chống Pháp xâm lược thường là những bài thơ vịnh cảnh, vịnh vật nhằm gửi gắm tâm sự và tỏ hoài bão, chí hướng của mình, phê phán bọn thống trị phong kiến bất tài, dốt nát, hám danh lợi.

Khi giặc Pháp xâm lược đất nước, ông đã chuyển hẳn ngòi bút sang chống bọn cướp nước và bán nước.Tiêu biểu nhất là cuộc hoạ thơ phê phán gay gắt thái độ đầu hàng, làm tay sai cho giặc của Tôn Thọ Tường. Đập lại những luận điệu nguỵ biện cho hành động phản dân hại nước cùng sự tán dương sức mạnh vật chất của thực dân Pháp của Tường, Phan Văn Trị đã mắng thẳng vào mặt Tường là "đứa ngu", "kẻ đáy giếng trông trơ mắt ếch", "loại tanh nhơ"... với lập luận sắc sảo, sáng ngời chính nghĩa, đĩnh đạc và hiên ngang. Bằng vũ khí ngòi bút, ông đã giáng cho tên Việt gian trơ trẽn này những cái tát khá đau.

Trong cuộc hoạ thơ này, ông đã lôi cuốn được đông đảo sĩ phu Nam Kỳ như Bùi Hữu Nghĩa, Huỳnh Mẫn Đạt... vào một cuộc bút chiến sôi nổi. Đây cũng là cuộc đấu tranh tư tưởng có quy mô lớn, đầu tiên trong lịch sử văn học của dân tộc. Nó có giá trị mở đầu cho những cuộc đấu tranh tư tưởng - văn hoá khác sẽ nổ ra trong nửa đầu thế kỷ XX sau này. Nếu như trong số các sĩ phu yêu nước thời đó phần lớn vẫn còn nhiều kỳ vọng ở triều đình nhà Nguyễn, thì Phan Văn Trị đã có một nhận thức sáng suốt và quyết liệt, một thái độ dứt khoát, khi phê phán và lên án sự ươn hèn, khiếp nhược của đám quan phong kiến trước uy lực của thực dân Pháp lúc bấy giờ.

Trên dưới 50 bài thơ (mà nay chúng ta biết được) phản ánh một tinh thần lạc quan, một ý thức trách nhiệm của người trí thức đối với nhân dân và đất nước, tràn đầy tinh thần lạc quan và tính chiến đấu sâu sắc, một khí phách độc đáo, Phan Văn Trị rất xứng đáng đứng trong hàng ngũ các nhà thơ tiêu biểu cho khuynh hương văn học yêu nước chống Pháp thời cận đại bên cạnh Nguyễn Đình Chiểu, Nguyễn Thông, Nguyễn Xuân Ôi, Nguyễn Quang Bích v.v...