Theo báo cáo của VIPUA, cho tới hết năm 2013 VIPUA đã có 56 hội viên là các trường đại học, cao đẳng và trung cấp chuyên nghiệp, gần 76% tổng số  trường đại học, cao đẳng ngoài công lập đã gia nhập, trong đó có một số trường cao đẳng nghề. Qua từng năm số hội viên của VIPUA tiếp tục tăng cho thấy vị thế và uy tín của VIPUA ngày được củng cố.

Những năm gần đây, đặc biệt là năm 2013 VIPUA đã có những tham vấn cụ thể giúp Chính phủ, Bộ GD&ĐT có những chủ trương, chính sách giúp hệ thống giáo dục đại học phát triển đúng với tiềm năng. 

Cụ thể, với các hội viên VIPUA đã kiến nghị Chính phủ xem xét và chỉ đạo các giải pháp để các trường đại học, cao đẳng công lập địa phương và một số trường ngoài công lập tuyển sinh không đạt được chỉ tiêu kế hoạch vì thiếu nguồn tuyển. Xuất phát từ những năm qua Bộ GD&ĐT duy trì thể thức tuyển sinh đại học, cao đẳng lạc hậu, làm cho nguồn tuyển bị thiếu một cách giả tạo, khiến cho nhiều trường đại học, cao đẳng công lập địa phương và một số trường ngoài công lập không hoàn thành được chỉ tiêu tuyển sinh hằng năm, nhiều ngành, nghề buộc phải dừng hoạt động, thậm chí có nguy cơ giải thể.

Trong thời gian hoạt động VIPUA nhận thấy có những biểu hiện xa rời mục tiêu của Nghị quyết 14/2005 về đổi mới cơ bản và toàn diện giáo dục đại học Việt Nam giai đoạn 2006-2020, như mở quá nhiều trường đại học, cao đẳng công lập, cho phép các trường này mở rộng quá mức quy mô tuyển sinh nhiều hệ, khiến cho xuất đầu tư của nhà nước đối với sinh viên giảm đi, làm cho chất lượng đào tạo giảm theo. 

Điều này đã ảnh hưởng tiêu cực đến việc duy trì, củng cố và phát triển của các trường ngoài công lập. Nghị quyết đề ra phấn đấu đến năm 2010 tỷ lệ sinh viên ngoài công lập chiếm 40%, nhưng thực tế hiện nay chỉ mới khoảng 14%, vì vậy kết quả chủ trương xã hội háo giáo dục của Đảng và Nhà nước bị hạn chế không ít.

Cùng với quyết định 122 và Quyết định 61 và 63 ban hành  quy chế trường đại học tư thục đã gây khó dễ cho các trường trong việc chuyển đổi loại hình từ dân lập sang tư thục, dẫn đến một số trường mất đoàn kết, mâu thuẫn nội bộ, chuyển đổi nhà đầu tư, mua bán trường, làm xấu đi hình ảnh trường ngoài công lập.

Trước tình hình này VIPUA đã báo cáo trình Thủ tướng những đề xuất, trong đó VIPUA đề nghị Chính phủ chỉ đạo tổ chức Hội nghị về các trường đại học ngoài công lập để tổng kết, rút kinh nghiệm những mặt được và chưa được, giúp các trường có điều kiện tiếp tục vươn lên, phát triển bền vững. Ý kiến của VIPUA đã được thủ tướng quan tâm và chỉ đạo Bộ GD&ĐT chủ trì Hội nghị tổng kết 20 phát triển mô hình giáo dục ngoài công lập. 

Sau Hội nghị này, VIPUA đã có văn bản báo lên Thủ tướng Chính phủ, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam và các bộ ngành liên quan. Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã quan tâm trực tiếp dành một buổi để lắng nghe lãnh đạo VIPUA trình bày về những vấn đề giáo dục nói chung và giáo dục đại học ngoài công lập nói tiêng. Tại đây Phó Thủ tướng đã có ý kiến chỉ đạo rất quan trọng.

Cũng trong thời gian hoạt động của mình, VIPUA đã có những góp ý quan trọng cho Điều lệ trường đại học. Nhận thức đây là văn bản rất quan trọng đối với mỗi trường, đặc biệt trong dự thảo còn thiếu những điểm cơ bản, gây khó cho các trường, nhất là khối các trường ngoài công lập. Những góp ý của VIPUA không chỉ gửi đến Bộ GD&ĐT mà còn được  gửi lên báo cáo Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam, Ban Tuyên giáo Trung ương và Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội.

Đặc biệt, với vai trò là tổ chức phản biện, góp ý kiến cho chủ trương, chính sách, VIPUA đã tích cực góp ý cho văn bản dự thảo quy định về tuyển sinh giai đoạn 2014-2016 của Bộ GD&ĐT. Tiếp thu góp ý của VIPUA, trong năm 2014 tuy vẫn là tuyển sinh 3 chung những từ năm 2015 sẽ chỉ có một kỳ thi quốc gia làm cơ sở để các trường tiếp tục tự chủ thực hiện phương án tuyển sinh của mình.

Trước những vấn đề bức thiết của giáo dục đại học, đặc biệt là đại học ngoài công lập, ngày 8/1/2014 Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam đã dành cả buổi sáng làm việc với Lãnh đạo VIPUA tại Văn phòng Chính phủ. Cũng tại buổi làm việc này, Chủ tịch VIPUA Trần Hồng Quân đã báo cáo mọi mặt của VIPUA, trong đó có vấn đề thành lập Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam. Vấn đề này đã được Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam quan tâm chỉ đạo các bộ ngành liên quan.

Ngay trong năm 2013 VIPUA đã soạn thảo, ký gửi tới 60 công văn, trong đó có 17 công văn gửi Thủ tướng, Phó Thủ tướng, Bộ GD&ĐT, Ban Tuyên giáo Trung ương, Ủy ban Văn hóa, Giáo dục, Thanh niên, Thiếu niên và Nhi đồng của Quốc hội…kiến nghị, đề xuất các giải pháp tháo gỡ khó khăn liên quan đến các vấn đề quan trọng của giáo dục đại học nói chung, các đại học, cao đẳng ngoài công lập nói riêng về quy chế, điều lệ về tuyển sinh, chính sách thuế, đất đai…

Trong Hội nghị tổng kết 20 năm mô hình giáo dục đại học ngoài công lập, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cho rằng,  để thể hiện sự công bằng, bình đẳng thật sự giữa hệ thống công lập và ngoài công lập, đề nghị Bộ GD&ĐT, VIPUA nghiên cứu thay vì có Hiệp hội các tường ngoài công lập, nên chăng tiến tới thành lập Hiệp hội các trường đại học, cao đẳng Việt Nam để cùng một sân chơi.