Trường THCS Thạnh Phú 2 tiền thân là Trường THCS Nông Trường Cờ Đỏ, được tách ra từ trường Tiểu học Nông Trường Cờ Đỏ ( nay là Tiểu Học Thạnh Phú 3) vào năm 1990. Suốt quá trình hoạt động trường đã được sự lãnh đạo của các đồng chí trong Ban Giám Hiệu: