* Đại Việt thông sử còn gọi là Lê triều thông sử (gồm 30 quyển), là bộ sử được viết theo thể ký truyện, chép sự việc theo từng loại, từng điều một cách hệ thống, bắt đầu từ Lê Thái Tổ đến Lê Cung Hoàng, bao quát một thời gian hơn 100 năm của triều Lê, trong đó chứa đựng nhiều tài liệu mới mà các bộ sử khác không có, đặc biệt là về cuộc kháng chiến chống Minh.
* Phủ biên tạp lục (6 quyển), viết xong năm 1776, ghi chép về tình hình xã hội Đàng Trong từ thế kỷ thứ 18 trở về trước.

* Bắc sử thông lục (4 quyển), viết xong năm 1763.

* Kiến văn tiểu lục (12 quyển), hoàn thành năm 1777, là tập bút ký nói về lịch sử và văn hóa Việt Nam từ đời Trần đến đời Lê. Ông còn đề cập tới nhiều lĩnh vực thuộc chế độ các vương triều Lý, Trần, từ thành quách núi sông, đường xá, thuế má, phong tục tập quán, sản vật, mỏ đồng, mỏ bạc và cách khai thác cho tới các lĩnh vực thơ văn, sách vở...

2. Bách khoa thư có tác phẩm:

* Vân đài loại ngữ (9 quyển): Lê Quý Đôn hoàn thành vào năm 1773, lúc ông 47 tuổi. Đây là một loại “bách khoa thư”, đồ sộ nhất thời phong kiến Việt Nam, trong đó tập hợp các tri thức về triết học, khoa học, văn học... sắp xếp theo thứ tự: Vũ trụ luận, địa lý, điển lệ, chế độ, văn nghệ, ngôn ngữ, văn tự, sản vật tự nhiên, xã hội... Vân đài loại ngữ là bộ sách đạt tới trình độ phân loại, hệ thống hóa, khái quát hóa khá cao, đánh dấu một bước tiến bộ vượt bậc đối với nền khoa học Việt Nam thời phong kiến.

3. Thơ, văn có các tác phẩm:

* Toàn Việt thị lục: hoàn thành năm 1768, ghi chép chọn lọc khoảng 2.000 bài thơ của 175 tác giả từ thời Lý -Trần đến đời Lê, gồm các phần: Quế Đường thi tập, Quế đường văn tập, Quế Đường di tập, Phú Lê Quý Đôn.

4. Triết học, lý số có tác phẩm:

Nam chiếc chi vi sàng Nữ giải y quy tịch Nam quỳ như hổ phục Nữ ngoạ như long phi Tiền khoan khoan hậu giật giật. Quan niệm về thơ của Lê Quý Đôn: “Làm thơ có 3 điểm chính: một là tình, hai là cảnh, ba là việc. Tiếng sáo thiên nhiên kêu ở trong lòng mà động vào máy tình; thị giác tiếp xúc với ngoài, cảnh động vào ý, dựa cổ mà chứng kim, chép việc thuật chuyện, thu lãm lấy tinh thần... đại để không ngoài ba điểm ấy".

Ông có câu nói nổi tiếng, đến nay vẫn còn giá trị: Tứ tôn “ Tôn tộc đại quý, tôn lộc đại suy, tôn tài đại thịnh, tôn nịnh đại nguy”; Ngũ quy “Quy nông tất ổn, quy công tất phú, quy thư­ơng tất hoạt, quy trí tất hư­ng, quy pháp tất bình”; “Dẫu cho bạc vàng trăm vạn lạng - Không bằng kinh sử một vài pho.”…

Nhận xét về thân thế và sự nghiệp văn chương của Lê Quý Đôn, nhà sử học Phan Huy Chú viết: Lê Quý Đôn là một “nhà bác học ham đọc, ham biết và ham viết”. “Ông có tư chất khác đời, thông minh hơn người mà (vẫn) giữ tính nết thuần hậu, lại chăm học không biết mỏi. Tuy đỗ đạt vinh hiển, tay vẫn không rời quyển sách. Bình sinh (ông) làm sách rất nhiều. Bàn về kinh sử thì sâu sắc, rộng rãi, mà nói về điển cố thì đầy đủ rõ ràng. Cái sở trường của ông vượt hơn cả, nổi tiếng trên đời”. “Ông là người học vấn rộng khắp, đặt bút thành văn. Cốt cách thơ trong sáng. Lời văn hồn nhiên..., không cần suy nghĩ mà trôi chảy dồi dào như sông dài biển cả, không chỗ nào không đạt tới, thật là phong cách đại gia”.

Xét góc cạnh khác, theo Giáo sư Văn Tân (Viện Sử học Việt Nam) cho rằng, Lê Quý Đôn còn là một nhà tri thức muốn có những cải cách trong xã hội Việt Nam, một nhà chính trị quan tâm đến nhân dân, gần gũi nhân dân, hiểu những mong muốn của nhân dân và là nhà tri thức có tư tưởng tự tôn và tự hào dân tộc.